Подключитесь к серверу по SSH, перейдите в нужную директорию и выполните следующую команду:
du -h --max-depth=1
В результате выполнения команды вы получите примерно следующий вид:
261M ./logs 2,4G ./mydomain.ru 5,8M ./httpdocs 60K ./error_docs 2,7G .
Данная директория занимает 2,7 ГБ, и напротив каждой поддиректории подписан раздел.